El castillo fue construido sobre ella en el siglo XII, y reformado en el XIV. El primer testimonio documental sobre Aguilar de Campoo data del año 1039, con motivo de las donaciones al Monasterio de Santa María.

El 4 de agosto de 1184 se celebró en la Villa la Junta General del Reino, a la que asistieron todos los obispos de Castilla y el Consejo Real.

A la muerte de Alfonso VIII, la villa correspondió a Fernando II, quién al ofrecerla en arras a su tercera esposa, provocó que Alfonso IX de León sitiara el castillo, pues la villa pertenecía a su madre política. El alcaide Marcos Gutiérrez resistió heroicamente, viéndose finalmente obligado a entregar la fortaleza por falta de agua y víveres debido al largo asedio. Conmovido por su tenaz resistencia y valentía el rey Alfonso IX le devolvió el castillo.

El 14 de mayo de 1255 Alfonso X el Sabio le otorgó el primer Fuero Real y la condición de villa realenga.

Ende 1332 Alfonso XI concedió el señorío de Aguilar de Campoo al primer hijo varón nacido de su matrimonio con Doña Leonor de Guzmán, y al fallecimiento de este seis años más tarde, a Don Tello, quien lo conservó hasta su muerte en 1370. Pasó después a su primogénito, Don Juan Tello, por privilegio dado en Sevilla en 1371.

Lo heredó su primogénito, también llamado Juan, quien murió siendo niño, por lo que el señorío pasó a su hermana doña Aldonza, quién casó en 1396 con Garci Fernández Manrique, y al que el rey Don Juan le concedió el título de Conde de Castañeda en 1420.

Pasó después a su hijo Don Juan Manrique, segundo Conde de Castañeda, quién casó con la hija del Almirante Mayor de Castilla, Doña Mencía Enriques. A la muerte de ésta en 1480 se volvió a casar con doña Catalina Enríquez de Ribera. También ese mismo año los Reyes Católicos le concedieron la facultad de fundar mayorazgos, y así, en 1484, creó uno a favor de su primogénito Garci Fernández Manrique que incluía el condado de Castañeda, la villa de Aguilar de Campoo y el oficio de merino de la Merindad de Aguilar de Campo.

A la muerte de Don Juan, en 1493, le sucedió Garci Fernández Manrique, a quien los Reyes Católicos otorgaron el marquesado de Aguilar. Al fallecer en 1506, le sucedió su hijo Luis Fernández Manrique, quien casó con doña Ana Pimentel. El 22 de octubre de 1517 el Rey Carlos V se hospedó en su casa durante cinco días.

Le sucedió su hijo primogénito Don Luis Fernández Manrique, y a este Juan Fernández Manrique. Pasó después a su hermano Don Bernardo Manrique al no haber contraído matrimonio ni tenido sucesión. Don Bernardo se casó en 1586 con doña Antonia de la Cerda y Aragón, hija del Duque de Medinaceli. (1)

El recinto presenta planta trapezoidal, con cubos macizos situados en las cuatro esquinas y en el centro del lienzo sur. Los gruesos muros de sillarejo, más delgados en el flanco oeste, sólo se interrumpen junto a la esquina noroeste donde se derrumbó parte del lienzo norte.

La longitud de los muros va decreciendo pasando de los 40 metros de largo que presenta el situado al este, a los 38 del sur, 31 del oeste, terminando con los 20 del muro norte.

La entrada al castillo se realiza por medio de una puerta de arco apuntado situada en el lado izquierdo de la fachada este. Encima de ella aparecen dos escudos de armas muy desdibujados. Entre esta puerta y el cubo de la esquina sureste se aprecia la antigua entrada. Tenía un arco de medio punto y se tapió al abrir el nuevo acceso al ser de menores dimensiones.
Un portillo, en la fachada sur junto a la esquina sureste, permitía el acceso a un recinto exterior situado a una altura inferior y del que quedan una pequeña torre y los dos lienzos que lo formaban.

En la parte norte, todavía existen restos de mampostería de un recinto exterior, también a una altura inferior al castillo, que prolongaba 58 metros el lienzo noroeste hacia el norte, para retroceder después durante 78 metros hacia el sureste y enlazar con otra pequeña torre existente en el lado este, en la que se ve el arranque de un portillo. La entrada a este segundo recito se localiza al norte, en el muro noroeste.

Laurent Vital en la crónica del primer viaje de Carlos V a España en 1517, indica respecto al castillo que se encuentra «sobre una montaña, que, por la situación, es muy maravilloso y casi como intomable; pero, viéndolo por dentro, no es tan gran cosa como parecía desde fuera. Así está mal provisto de artillería y otras municiones que sirven para una plaza semejante.»

Entre los años 1986 y 1989 se realizaron excavaciones arqueológicas que sacaron a la luz, en el interior del recinto y a unos dos metros del muro oeste, los restos de una torre con muros de sillería de 2 metros de espesor, del siglo X, posiblemente la que originó el castillo. Asimismo, adosada a ella se encontró un aljibe. (2)