Su nombre, según el profesor Guillermo Tejada, es en principio un hidrónimo prelatino, redundante y en diminutivo plural,: De "Am (a+a) ya" - de los grupos hidronímicos "ama/oma/uma"..., "
río", y "aya/aja/aza/asa"..., también "río"-, a "Amayu-ela-s", (junto a los-) "
ríos pequeños". Nombre, traído seguramente del Norte con la repoblación
medieval. Y para diferenciarle de "
Amayuelas de Arriba", por su posición a menos altitud o más "
aguas abajo" le añadieron ya en sus orígenes el diferenciador "-de Abajo".