Su nombre, según el profesor Guillermo Tejada, está formado por 2 hidrónimos prelatinos: 1-"Amayuelas", diminutivo plural de "Amaya", < de ("am (a"+"a) ya" -el primero del grupo hidronímico "ama/oma/uma"..., "
río", y el 2º, del grupo "aya/aja/asa/aza...", también "río"; es decir, "Amayu-elas", (junto a-) "
ríos pequeños". Y 2- "de Ojeda", un diferenciador y localizador debido a su comarca, cuyo nombre "Ojeda", diminutivo de "Oja" -del grupo hidronímico anterior "aja/oja"..., también "río"; aquí con el significado también de "río pequeño". El nombre seguramente viene del Norte con la repoblación
medieval.