Las tierras de Cordovilla de Real, pobladas inicialmente por los vacceos, conocieron posteriormente la cultura
romana, que estableció sus villas y explotaciones en estos parajes. Más tarde fueron los visigodos quienes dejaron su huella. Visigótica es la fundación del obispo Toribio en
San Salvador del Moral y resonancias
gótico-germanas tiene también el despoblado de Villandrando.
La actual Cordovilla surgió en la primera población mozárabe. Parece que las gentes de tierras cordobesas subieron huyendo de la invasión morisca, encontrando a orillas del
río Pisuerga lo que buscaban. Al par que el núcleo de Cordovilla, Matanzas, Villandrando y San Salvador del Moral -en la actualidad dehesas dedicadas a la
agricultura y a la
ganadería-, fueron asimismo aldeas
medievales, con importantes construcciones y
monasterios.
Villa que formaba parte, en su categoría de
pueblos solos, del Partido de Castrojeriz, uno de de los catorce que formaban la Intendencia de
Burgos, durante el periodo comprendió entre 1785 y 1833, en el Censo de Floridablanca de 1787, jurisdicción de realengo con alcalde ordinario.