En el siglo XIII se mienta a
Fontecha con el mismo nombre que la
fuente, que todavía se nombra igual y que posiblemente dio origen al asentamiento, significado "fuente escondida".
Fontecha tiene una
iglesia bajo la advocación de Santiago Apóstol. Es un
edificio de estilos
románico y
gótico (siglo XIII). Destaca dentro de ella, su
retablo mayor (siglo XVI) con una imagen de un Santiago Matamoros.
Se ha llegado a asegurar que Fontecha era el emplazamiento de la mítica "
laguna de los doce segures", y hasta el sitio donde el emperador Augusto, en una visita que realizó al
campo de operaciones de las guerras cántabras, salvó la vida milagrosamente, como consecuencia de un rayo que mató a uno de los siervos que le acompañaban; razón por la cual y en agradecimiento, mandó edificar en Roma el templo dedicado a Júpiter Tonante.