La etimología de su topónimo significaría para algunos estudiosos "
puerto abierto al
ganado", otros se inclinan por la derivación del latín PetraPertum (Perapertum-
Perapertu).
En su origen franco se intuye que en perapertu se instalaron
familias de canteros francos llegados al
pueblo para trabajar en la construcción
románica de su templo.
Se cita el
monasterio de Aguilar, como el documento de 1426, donde Pedro Carrasco recibe de los monjes de Aguilar un solar con sus préstamos en Perapertu, estando obligados a morar en él y mantenerlo reparado y pagar la infurcion al cenobio del cual es su vasallo.