Villahán, como otros
pueblos cercanos, fue reconquistado por los ejércitos cristianos del rey Alfonso III el Magno, época en la que sería repoblada esta villa como “Villa Fan”, cuando casi todas las localidades poseían
castillo y
murallas.
En el siglo x Villazán pertenecía al Alfoz de
Palenzuela, del condado de Castilla como otros despoblados de su entorno: Castillejos, Quintanilla Albilla, etc.
Un siglo más tarde seguía llamándose Villafán y en el solar había un
monasterio. En el siglo xiii Villa Han pertenecía al arcedianato de Palenzuela de la diócesis de
Burgos. A mediados del siglo xiv era Villahán aldea de jurisdicción de Palenzuela, capital que pertenecía a la reina María de
Portugal, madre del rey Pedro I de Castilla.
Ya a mediados del siglo xvi era señor de Villahán de Palenzuela Luis Ossorio, hermano de Doña Inés y en 1675 del Almirante Enríquez.
Por los años medios mantuvieron un pleito la duquesa de Alba y el conde de Benavente por la pertenencia de Villahán, siendo el último el administrador de la villa, cuando contaba la villa con 100 vecinos, tenía
molino harinero, y en 1777 fue reconstruida la primitiva
iglesia de
San Andrés.
En 1828 contaba la villa con 219 vecinos, y en 1850, con 152, aunque el número de habitantes era superior debido a la creciente natalidad.
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La iglesia parroquial también está dedicada a San Andrés, tuvo que ser reconstruida en 1777 y sustituir al anterior templo, del siglo XII. Tiene torre a los pies, y en su interior se muestran retablos barrocos y neoclásicos, y una custodia rococó del siglo XVIII.
