Aunque los restos arqueológicos nos muestran un poblamiento anterior, que nos situaría en la Segunda Edad del Hierro en el castro del Picón de la Mora, la fundación de Encinasola en su actual emplazamiento se remonta a la Edad Media, obedeciendo a las repoblaciones efectuadas por los reyes leoneses en la Alta Edad Media, cuando quedó encuadrada dentro del Alfoz de Ledesma, en el Reino de
León, denominándose en el siglo XIII "Erzinasola", del que pasaría a "Enzinasola" y "Encinasola".
Con la creación de las actuales provincias en 1833,
Encinasola de los Comendadores quedó integrado en la provincia de
Salamanca, dentro de la Región Leonesa, pasando a formar parte del partido judicial de
Vitigudino en 1844.