El primitivo convento de esta Orden en Salamanca data en torno al año 1480. Entre sus muros estudió el místico San Juan de la Cruz que fue nombrado precepto de estudiantes y recibió su formación Carmelitana. El Convento fue destruido en gran parte por la riada de San Policarpo en el año 1626. Fray Alonso de San José y Fray Diego de la Encarnación se encargaron de la reconstrucción que se hizo en estilo herreriano, gracias al que llegó a recibir el nombre de "El Escorial salmantino". La Guerra de la Independencia diezmó gran parte de las posesiones, así como los retablos interiores de la capilla. La Desamortización de Mendizábal acabó con el resto de posesiones, a excepción de la capilla, único reducto que se conserva a día de hoy. la Orden del Carmen desapareció de Salamanca hasta 1848, en esa fecha se crea un convento y una residencia universitaria aledaña a la capilla.