La teoría más aceptada es que el perro desciende de la especie del lobo (Canis lupus), y no se sabe si el hombre vino al lobo o al revés; Descendiente de este lobo, el primer perro doméstico es de hace unos 12 mil años. Sin importar cualquier argumento ambos aprovechaban la situación: el hombre usaba al lobo cazando, guardando el ganado, y como vigilante contra enemigos. En cambio, el hombre le daba de comer. Desde cierto punto de vista ha sido el ancestro más cercano de todos los perros domésticos, incluido el Gran Danés, que es mucho más grande que el lobo y el Chihuahua, que es mucho más pequeño. Las formas externas de estas razas pueden parecer completamente distintas de las del lobo y entre sí, pero dentro de su piel cada perro siente y se comporta como un lobo. Pero para algunas algunas personas dicen que su origen debe de ser más buscado en la antigüedad.

Hace millones de años:

Hace algunos 56 a 38 millones de años existieron los Eocene Miacids, que han sido ligados
a ciertos caninos; a partir del miacids evolucionó el gato (Feloidea) y el perro (Canoidea).

Hace 30 millones de años, durante el período Oligoceno, apareció sobre la Tierra la primera criatura con apariencia de perro, el Cynodictis, un animal parecido a la mangosta con un largo hocico. Los fósiles más primitivos de la familia de los perros se han encontrado en Norteamérica y son de este período. Otra criatura parecida a los cánidos, el Tomarctus, evolucionó durante el período Mioceno hace 24 millones de años. A su vez, hace 300 mil años, el género Canis evolucionó, convirtiéndose en Canis lupus o Lobo.

En la antigüedad

La gente del antiguo Egipto y Asia Occidental fueron los primeros en criar diversas clases de perros, tales como Mastines y Galgos. En tiempos de los romanos existía ya la mayoría de las formas y tamaños de perros conocidos actualmente. Usaban Galgos y perros de presa para cazar, mientras los grandes Mastines se consideraban ideales para la pelea y para la guerra. Igual que el actual letrero "Cuidado con el perro", los romanos escribían "Cave canem" que significa lo mismo en latín. Todo esto se sabe por los restos óseos de estos perros, pero mejor aún por las figuras, pinturas y otras obras de arte que representan a estos animales. La escultura de los Galgos Townley (derecha), fue hallada en el monte Cagnolo, cerca de Roma, en los últimos años del siglo XVIII. En el mundo antiguo se tenían perros para cazar, pastorear, como guardianes, para el deporte y como hoy día de compañía.

En el Lejano Oriente se usan los perros con muchos fines y se les incluye en el culto religioso. Siempre desde los tiempos del antiguo Egipto, los perros en las pinturas y esculturas se han representado llevando collares, hasta épocas relativamente modernas. Todos los perros domésticos del mundo, tanto un Pequinés como un Gran Danés, han heredado los ojos y orejas de su antepasado el lobo. Todos sus sentidos han evolucionado al ser un cazador social de grandes presas, pero estos sentidos se han adaptado y desarrollado en las distintas razas caninas por medio de la "selección artificial". Esto significa, por ejemplo los Galgos, que a aquellos cachorritos con una especial vista se les ha seleccionado como futuros padres durante siglos, de manera que en el transcurso del tiempo los Galgos han desarrollado una vista aún mejor que la de los lobos. Un cambio que se ha producido en casi todos los perros domésticos es que los ojos miran hacia adelante más que hacia los lados, como sucede en el lobo.

Tipos de pensamiento sobre el origen del perro:

Se supone que los perros tempranos fueron descendientes de lobos domados que cruzaron y evolucionaron en una especie doméstica.

Otros científicos, aunque han pasado creyendo que los lobos ha sido contribuyente principal, sospechan que también fueron chacales o coyotes los que contribuyeron al linaje del perro.

La relación de las dos especies, al menos es una teoría reciente, comenzó como competidores, no complementándose. Donde el que cometiera un error terminaba siendo comido por el otro; aun peor, porque el perro tenía una piel que también seguramente era deseada por el hombre.

Los expertos que estudian la evolución de perros modernos creyeron que la domesticación del lobo fue un esfuerzo consciente de humanos. La teoría fue que tomaron los cachorros del lobo de sus cubiles, los adoptó, los alimentó y los domó. Pero al parecer esto no es posible según el biólogo Raymond Coppinger; él opina que el lobo no puede ser domesticado ya que su naturaleza es salvaje. Coppinger cree que una característica conductual llamada la "distancia de vuelo" fue crucial a la transformación del lobo salvaje a los antepasados del perro moderno. Representa un animal les permitirá a los humanos (o nada más que lo que percibe como peligroso) estar con ellos antes de que huya. Los animales con distancias de vuelo más cortas demoraron y se alimentaron, cuando los humanos estaban cerca; este rasgo conductual se habría pasado adelante a las generaciones sucesivas y se amplificó, se creando animales que son
más cómodos alrededor de los humanos.

En cualquiera de los casos anteriores, el hombre empezó a exigirle otras cosas al lobo con respecto a comportamiento y aspecto. Desde entonces, empezó a crecer la variedad de razas caninas y se han criado perros por aspecto, comportamiento y capacidad de caricias, lo que actualmente sigue pasando, pero a pesar de que se ha mantenido una fina selección de razas, algunas veces suelen presentarse problemas debido a que no son "compatibles" algunas razas.

Consecuencias de los cruces al pasar de los años
Endogamia es el cruzamiento de miembros de una misma familia, los humanos al parecer desde un principio les ha gustado jugar a ser "DIOS" al intentar cruzar a perros para mejorar sus características o su aspecto, a causa de este método, los animales sufren más defectos genéticos y enfermedades que cuando pasa naturalmente. Algunos problemas los llegan a tener perro de tamaño grande y pequeño; el chihuahua tiene la cabeza más grande en relación a su cuerpo, por lo que su nacimiento debe de ser por cesárea ya que no cabe por el lado natural de nacimiento. Para el bóxer algunas veces es difícil respirar, ya que tiene el hocico demasiado pequeño o también llamada "nariz aplastada". El daschund o también llamado perro salchicha ha sido un problema en la espalda ya que debido al tamaño de la misma, puede causar parálisis y dolor incesante.