
El antiguo municipio se han encontado yacimientos prehistóricos al igual que en el cercano yacimiento prehistórico de La Peña de
Estebanvela.
Pertenece históricamente a la Comunidad de Villa y Tierra de Ayllón desde que se fundó en el siglo XI. Santibañez estaba englobada en el Sexmo del
Río al igual que
Francos, Estebanvela y
Grado del Pico.
Citada como Santibañez de Aguisejo en el Diccionario de Sebastián Miñano.
Hasta 1979 era un municipio independiente.