En ese entorno, entre las residencias de los canónigos y el Alcázar, se levantó la primitiva
Catedral de
Santa María, la cual sería destruida en gran medida durante la Guerra de las Comunidades de Castilla (1520-1522). Se plantea entonces la construcción de una Catedral de nueva planta en otro lugar alejado de la fortaleza para, así, evitar en un futuro estar cerca de un potencial foco de ataques, a la par que el Alcázar ganaba en seguridad, pues la solidez de los muros del
edificio religioso sirvió de defensa y de una buena posición ofensiva a los comuneros durante la contienda. De este modo, en el año 1523, Francisco de Cobos, secretario del rey Carlos I, escribe al obispo Don Pedro de Ribera y al
Ayuntamiento para transmitirles los deseos del monarca, petición que, como vemos, fue aceptada. Comenzaría así la construcción de esta nuestra gran Dama, la última catedral
gótica en levantarse en
España, dando lugar a unas obras en las que se diferencian hasta tres períodos.