Referencia histórica es el año 876, cuando el caudillo árabe Almorabir fue vigorosamente rechazado por D. Alfonso III, que persiguió a los musulmanes entrándose a sus tierras hasta tomar los
castillos de
Deza, Chella (
Cihuela) y Atienza. No estarían mucho tiempo los castillos en poder de los cristianos, que tendrían que replegarse a sus estados. De este modo, Cihuela forma parte de las defensas de los árabes en la línea de la actual provincia de
Soria.
La reconquista viene marcada por las continuas batallas entre árabes y cristianos, desde el año 912 y el 1122, en el que se consolida Medinaceli. En el año 970 muere Fernán González, su sucesor será García Fernández. Dos años después fallece Amril ben-Timlet, el Valí fronterizo del
Campo de Gómara y el Jalón medio. Su hijos, cuyos nombres no son conocidos, gobiernan la
torre paterna y Noviercas,
Peñalcázar, Ateca, Deza, Cihuela y Ribarroya.
En el año 974, en el que el nuevo Conde de Castilla, García Fernández, partiendo de su base de
San Esteban de Gormaz y Osma, hará una cabalgada en profundidad en territorio musulmán, hasta sitiar el
castillo de Deza el 2 de Septiembre y a los pocos meses el de Cihuela, ésta aparece por primera vez en la diplomacia cristiana en el año 1136, con ocasión de la división de límites diocesanos entre Sigüenza y Tarazona, en el que Deza y Cihuela quedan para el Obispado de Sigüenza.
Cihuela, Albalate y Deza eran de la madre de San Martín, a la muerte de la madre, los hermanos hicieron tres partes de la herencia, que estaba compuesta por Deza, Cihuela y Albalate, y otras villas. Durante la Baja Edad Media, en Cihuela siguen afectando duramente las llamadas “luchas de la Raya”, entre los Reyes de
Aragón y Castilla. En el año 1296, D. Alonso de la Cerda se titula como Rey de Castilla, y se apodera de Serón, Soria, Osma, Almazán, Cihuela y Deza.
En los comienzos del siglo XIV, poseía el Rey de Aragón las Villas de Deza y Cihuela. Deciden reunirse en Torrellas, cerca de Tarazona, el monarca aragonés y Don Dionis de
Portugal el 3 de Agosto de 1304, allí se dispone devolver Deza y Cihuela a Castilla. En el año 1369, D. Enrique de Trastámara donaba Cihuela a Beltrán Duguesclin, en agradecimiento a la ayuda prestada para conseguir el trono de Castilla, asesinando a Pedro I, en Montiel, el 23 de Marzo del mismo.
A partir de aquí, las relaciones entre los Reinos de Castilla y Aragón entran en un periodo de tranquilidad, pero solo pudo darse por terminada la guerra al firmarse la Paz de Almazán en 1375, reinando en Castilla Enrique II. No obstante, Cihuela y Deza pasaron por varias vicisitudes, pues fueron tomadas por los Reyes de Aragón y
Navarra, que entraron por tierras sorianas en 1429. El Rey de Aragón tomó Deza y su castillo, llevándose a sus habitantes, al igual que en Ciria, Vozmediano, Borobia y Serón.
Tras varias contiendas, en Diciembre del 1437, se firman en Nápoles las paces con Aragón y Navarra, con ello se devolvieron las
plazas ocupadas por uno y otro bando, y Deza, Cihuela, Ciria y Borobia, retornaron a Castilla.
El 23 de Julio de 1444, el Rey Juan II de Castilla donaba a Don Álvaro de Luna: “En enmienda de Baza (Deza) e Cuthiella (Cihuela) de las cuales vos yo ove fecho merced con sus castillos e fortalezas”. Con el paso de los años, Deza y Cihuela pertenecieron a los Duques de Medinaceli. Mas tarde, el
Santo Rey Fernando confirmaría el privilegio de exenciones que a Deza y Cihuela había dado Don Alfonso VIII y su mujer Dña. Leonor, al conceder el Fuero de Soria y que estuviesen sus moradores “libres de todo pecho e facendera e fonsadera e de portago”.
Su nombre, según el profesor Guillermo Tejada, sería un diminutivo de "Sig/Seg"... Cig/Ceg", hidrónimo prelatino con el significado de "
río"; en este caso, "río pequeño" (junto al-), o viceversa.