Esta fue costeada a mediados del siglo XVI por el obispo Alvarez de Acosta (1539-63). Es un edificio de planta cuadrada de 53 metros de lado, con rasgos inequívocos del Renacimiento purista. La portada consta de arco de medio punto, con el intradós encasetonado, entre columnas adosadas. En las enjutas figuran relieves de sabios ancianos, iconografía alegórica muy propia para un edificio universitario. Encima del arco, una hornacina cobija la escultura de Santa Catalina, patrona de los filósofos y perteneciente a una familia de la que se consideraba descendiente el obispo Acosta. A los lados, se colocaron sendos escudos del prelado donante, en los que figuran la rueda de santa Catalina y unas costillas, para significar que sus obras las hacía? a costa de sus costillas?.
El patio central está enmarcado por una arquería en dos pisos, la inferior formada por arcos de medio punto y la superior por carpaneles. La monumental escalinata de acceso al piso nobles, como el patio, es muestra de la sintonía de este edificio con las corrientes estéticas y tipológicas dominantes de la época. En la balaustrada y el antepecho vuelven a parecer los escudos de Acosta.
La bula fundacional del Colegio Universidad data de 1550. Acogía facultades de Teología, Filosofía, Derecho y Medicina. Los estudios se suprimieron en 1770 para ser recuperados en 1778. Con motivo de la Guerra de la Independencia se clausuró de nuevo, retomando su actividad en 1814 para ser cerrada definitivamente como Universidad en 1841 al ser trasladada la institución a Soria, donde no pervivió. Posteriormente fue Instituto de Enseñanza Secundaria y acogió los Cursos Universitarios de verano. Actualmente el edificio ha sido reformado para convertirlo en hotel termal.