Recocido ya en 1882, año en el que obtuvo la declaración de Monumento Nacional. Su origen se remonta al siglo XII, cuando la Orden de los Hospitalarios de San Juan de Jerusalén, posteriormente Orden de Malta, reformó una pequeña iglesia románica que ya existía a orillas del río Duero, bajo el Monte de las Ánimas, adaptándolo a su culto y levantando el resto del monasterio para atender a los peregrinos que transitaban por allí, en su recorrido del camino de Santiago Castellano-Aragonés. Aunque hoy en día sólo se conserva la iglesia y el claustro, parece ser que además de las dependencias propias del monasterio, también había un hospital.
El monasterio de San Juan de Duero o Arcos de San Juan como también es conocido, alberga uno de los claustros más singulares del arte Románico, estando considerado como una de las Maravillas del Románico Español, solo por detrás de SAN ISIDORO DE LEÓN, la CATEDRAL DE SANTIAGO DE COMPOSTELA y la Catedral Vieja de Salamanca.
Su impresionante claustro, conserva una colección de estilos en su ejecución de lo más sorprendente y cada uno de ellos ocupa los dos medios tramos contiguos a una esquina. Románico, mudéjar y árabe, se dan la mano en sus arcos, sumando a su belleza, la singularidad de ser diferentes entre sí. Originalidad que lo hace único en España. Se desconoce el motivo por el que se ideó esta extraña mezcla de estilos, tal vez respondiera a una idea de 'globalización'.
La única esquina "convencional" es la noroeste, la formada por los dos tramos de arquillos románicos al uso, descansando en columnas pareadas con capiteles esculpidos.
Uno recoge la escena del Banquete de Epulón: en él aparece este rico y codicioso personaje, sentado en un banquete mientras a su lado se halla el pobre Lázaro, a quien los perros lamen las piernas cubiertas de llagas.
Pero tras la muerte llegara el Juicio Justo que colocará a cada uno en su lugar: así, a continuación, un ángel sostiene en sus brazos algo que no podemos identificar, aunque pudiera tratarse del alma de Lázaro; le sigue la imagen de Abraham sentado y sosteniendo una tela de la que surge una cabeza –que en este caso sí representa el alma del pobre personaje– mientras que a su lado la monstruosa e infernal cabeza de Leviatán engulle a Epulón, que implorante mira hacia el lado de los Justos.
Otro se halla tan golpeado que la interpretación de la escena es compleja: en realidad parece una historia secuenciada, cuyos episodios están separados por grandes hojas o toscos árboles, o quizá la escena transcurre en el campo. Se iniciaría el recorrido en la parte occidental, donde hay tres personajes ante una mesa con mantel;...
... a la derecha, en el frente sur seguramente relacionada con ellos, otra figura que pudiera ser un ángel. A continuación y flanqueado por dos de aquellas hojas, un individuo de pie sostiene algo en la mano sobre otra figura agazapada u objeto. Finalmente, el adosado al machón o pilar central de este tramo norte, recoge la escena de las Tres Marías ante el Sepulcro. En el centro figura el sarcófago abierto, sobre dos columnillas, y con el sudario fuera, tras él una gran hoja de acanto, a la derecha las tres Marías con vestidos de marcados pliegues –aunque muy erosionados– y a la izquierda el ángel que muestra el sepulcro vacío, signo de la Resurrección de Cristo, sosteniendo en su mano izquierda una cruz, La cesta se remata en tacos y el cimacio, de nacela, se prolonga a modo de imposta que recorre el pilar contiguo interior y exteriormente.
Para rematar la arcada y sosteniendo un alero que sujetaría el techo que originariamente portaba el claustro, se ordenan unos canecillos ornamentados, entre otros, con motivos vegetales, cabezas de animales y humanas.
En otros capiteles hay entrelazos, decoración vegetal, aves afrontadas, arpías o leones, como es lo habitual.
El ángulo sudoeste tiene la esquina achaflanada, donde se abre una de las puertas mudéjares apuntadas. A ambos lados de la misma, diez espacios entre columnas pareadas (6 al oeste y cuatro al sur) que se coronan con capiteles de decoración vegetal. Sobre ellos voltean arcos tangentes entrecruzados, apuntados y con fina decoración modelando su perfil.
Al final de estos de la panda sur, hay un arco muy curioso que queda colgado en el aire. En un principio puede llevar a pensar que el pilar se ha caído o que fue destruido, pero nunca lo hubo. Se trata de un alarde técnico de su constructor, que dejó la clave colgante. Los del ángulo sudeste, donde se abre, en la parte achaflanada, otra de las puertas mudéjares, son los más curiosos. Cuenta con amplios arcos de herradura apuntados que juegan a entrelazarse, habiéndose calado el espacio central de la zona donde se cruzan. Se apoyan en pilares de sección rectangular acanalados y carentes de capiteles, otorgando una esencia más armoniosa.
Por último el ángulo nordeste, también achaflanado y con puerta igual que las otras dos ya vistas, se compone de diez intercolumnios (4 al este y 6 al norte). En este caso son grupos de cuatro semicolumnas adosadas a un pilar central sobre las que se alzan arcos de herradura apuntados.
Todo el recinto claustral fue aprovechado como lugar de enterramiento con tumbas de lajas laterales, coberteras y en ocasiones con cabecera antropomorfa. Su cronología, al igual que las tumbas empotradas en los muros interiores de la iglesia, es bajo-medieval.
Ahora nos adentramos en la sencilla iglesia de una sola nave con bóveda de cañón apuntado y ábside semicircular con bóveda de horno. Pero sin duda, los elementos más representativos de esta iglesia son los dos baldaquinos que flanquean la nave junto al arco triunfal y que han captado la atención de numerosos autores por su originalidad, por su escasa implantación en los reinos peninsulares, y, según se ha dicho, por formar parte fundamental de ritos litúrgicos del cristianismo oriental de arraigo bizantino.
Estos edículos abovedados llamados ciborios servían para cubrir mesas de altar y poder disponer de tres altares para oficiar misas en iglesias con una sola nave y ábside.
Ambos son de similares características y posteriores a la construcción de la iglesia, a modo de templetes adosados al arco y sobre elevados de la actual cota de la nave, por tres escalones. Uno se corona con bóveda esquifada o vaída...... y el otro con cúpula apiramidada.
Ambos comparten la característica de tener nervios cilíndricos de refuerzo coincidentes en la clave, soportados por ménsulas con relieves de bustos humanos y de animales.
Se alzan sobre cuatro grupos de columnas en haces de a cuatro, sobre las que se sitúan ocho capiteles figurados de fina labra, uno a cada ángulo que sin duda fueron concebidos para esta disposición. La decoración de los capiteles del templete del lado norte es mayoritariamente figurada a base de seres mitológicos. Arpías con un aspecto tan hierático que más parecen esfinges, dragones, centauro sagitario e hidra de siete cabezas.
Solo el capitel situado en el lado norte de la entrada al templete, es de exquisita hechura. Narra a lo largo de las caras de la cesta, la ejecución de San Juan. Así vemos semioculta por el arcosolio que se instaló con posterioridad, a Salomé vestida con el atuendo que tantas veces veremos repetido en las bailarinas del románico aquí y allá. En la esquina del capitel, Herodes Antipas tras la mesa mostrando ricas viandas, representando la fiesta en celebración de su nacimiento en la que Salomé bailó y pidió como premio, instigada por su madre Herodías, y esposa de Herodes, la cabeza del Bautista, que a la sazón Herodes tenía preso.
Así aparece en la escena de nuestra derecha de la imagen. Preso en una torre almenada de la que asoma prendido del pelo por un soldado cubierto de cota de malla bajo la que asoma rico ropaje y que se apresta con su espada a decapitar al Bautista.
En el templete del lado sur, al contrario de lo que ocurre en el anterior, todos los capiteles tienen como motivo pasajes evangélicos y no hay monstruos mitológicos ni fieras figuradas. El que se halla exento nos muestra entre otras escenas la Anunciación, la Visitación,...
... y en el frontal una deliciosa escena de Nacimiento de Cristo, donde el Ángel y la estrella dominan en altura la escena. María en su lecho, con ropajes similares a los vistos en el mantel de la mesa del banquete de Herodes y sobre ella, el niño en un alargado cesto al que dan calor la mula y el buey. Detrás de María, una mujer (partera) la conforta.
En el capitel del ángulo sudoeste del templete, vemos la Huida a Egipto.
En el ángulo nordeste, la Matanza de los Inocentes, con el demonio instigando a Herodes a la degollación de los inocentes.
Y por último, en el situado al ángulo sudeste, una escena que parece representa la Ascensión a los cielos de María.
En el lado del evangelio se conserva un arcosolio. La tumba original debió tener un sarcófago alto, hoy desaparecido, quedando tan sólo la lauda sepulcral con representación del difunto yacente vestido de hombre de iglesia, reposando la cabeza sobre dos almohadones, con las manos cruzadas y con un cáliz sobre el pecho. La talla, se caracteriza por un relieve muy plano, cuya ejecución se remonta seguramente a los años finales del siglo XV o incluso a los iniciales del XVI.
Finalizamos la visita, señalando que hoy se despliega en el interior del templo, un pequeño museo con piezas que perpetúan el paso de hebreos, islámicos y cristianos por el lugar.