El problema del río Zapardiel es que transcurre sobre el gran acuífero del Norte de Ávila y Sur de Valladolid, un acuífero del que se extrae gran cantidad de agua para regadíos. Como el nivel freático de este acuífero baja continuamente por esas extracciones, también baja el nivel freático de estos ríos mesetarios como Zapardiel, Trabancos, Guareña...