A pesar del nombre con el que se la conoce popularmente, el templo actualmente es una más de las parroquias de Medina; la categoría de colegiata con abadía libre y exenta le fue otorgada por el papa Sixto IV en 1480, a instancias de los Reyes Católicos, quienes, a su vez se hicieron eco del antiguo señor de la villa, Fernando de Antequera (después rey de la corona de Aragón) y de su esposa Leonor de Alburquerque que deseaban, incluso, levantar una catedral. Se cuenta que Doña Leonor, acudía diariamente a oír misa desde el antiguo Palacio Real y en ocasiones (por seguridad) se desplazaba en su carroza, por un entramado de grandes bodegas que en ese trayecto había. En 1851 el edificio fue rebajado a la categoría de Parroquia Mayor, perdiendo sus privilegios.