En el coro, reconstruido integramente en 1765, está el órgano, de estilo rococó pagado en esa fecha a Juan de Inés ortega, maestro organero vecino de Marugán (Segovia. Existió al menos otro, contratado en 1594, similar al de Santa María de Pozaldez. Parece que se inventarió en 1772 como "viejo y sin uso".