Desde este momento, la vida política y social de la villa y su alfoz fueron dirigidas por los Condes de Benavente, que pusieron y quitaron de su cargo a diferentes alcaldes, como pudieron ser Pedro de Montemolín (1474) o Pedro de Sosa (entre 1490 y 1492). Durante el siglo xvii,
Puebla de Sanabria participó de manera principal y directa en la guerra de Restauración portuguesa al estar enclavada en pleno frente de batalla, siendo José Martínez de Salazar el gobernador de la villa durante dicho conflicto bélico.