Huellas de numerosas culturas atestiguan el origen de esta localidad,
romanas, visigóticas etc...
Fue fundada por Fafila en el Siglo X, repoblada por el Rey de Castilla Afonso VII en el Siglo XII.
Su
historía esta ligada a sus salinas (
lagunas) por la extracción de sal, que fueron de particulares, nobles, reyes y
monasterios.
Señorío de la Orden de Santiago 1184 - 1541.
El 27 de junio de 1506 se firmo La Concordia de
Villafáfila, último tratado entre los Reinos de
Castilla y León y Reino de
Aragón antes de su unión, firmado por Fernando El Católico y Felipe El Hermoso.
Señorío del Marques de Tábara 1542 - 1836
Las Lagunas de Villafáfila en 1986 es declarada Reserva Nacional de
Caza, en 2006 pasa a ser Reserva Natural, por su importancia avifaunistica, donde alberga la mayor población mundial de Avutardas, y la segunda población mayor de
España del Ansar Común.