De Wikipedia: Se han encontrado restos paleolíticos y neoliticos en las cuevas de Daniel y el Bec de la gallina, y también piezas de sílex cerca del pueblo. Por otro lado, hay restos de muelas de molino, cerámicas y monedas ibéricas e ilercetanas del siglo II. En La partida de Las Planas se han encontrado restos de una villa romana, monedas de los siglos II y III y una necrópilis de era visigoda en el camino de Mas del Dineral.
En tiempos de los sarracenos, dependía de Siurana. Su población aumenta en el siglo XI debido a la llegada de sarracenos huidos de la Reconquista. La caída definitiva del castillo árabe de Siurana, centro neurálgico de este territorio, se logró entre 1153 y 1154 con la intervención de cuatro ejercidos cristianos dirigidos por los nobles catalanes Hug Ponç y Ramon de Cervera que entraron en Rojals, Farena y Capafonts el año 1151.6​ Ese año, el valle del Brugent pasa a manos del conde de Barcelona y empiezan a llegar cristianos a repoblar Siurana, hasta que Capafontes aparece citado en la carta de población de Prades de 1159.

A partir del siglo XIV, Capafonts pertenece al condado de Prades, creado en 1324 por Jaime II de Aragón en favor de su hijo Ramón Berenguer de Aragón. Tras la cuarta generación, pasa a ser gobernado por la casa de Cardona. En 1564, vuelve a la de Aragón y, en 1575, a la casa de los Fernández de Córdoba, condes de Ampurias y de Prades, hasta que por matrimonio se añade al título el de los duques de Medinacelli y más tarde el de los duques de Feria, hasta la actualidad, en que el condado de Prades pertenece a Victoria von Hohenlohe-Langenburg, nacida en Málaga en 1997 y que acumula más de 40 títulos de la nobleza española, entre ellos duquesa de Medinacelli.

Durante los siglos XVI y XVII, las montañas de Prades estuvieron afectadas por el bandolerismo, como gran parte de Cataluña, por lo que se crearon hermandades que proporcionaban guardias que se apostaban en los caminos para protegerlos. Muchos de los bandoleros eran moriscos que se habían refugiado en las montañas, marginados por el resto de la población. El duque de Cardona y conde de Prades, entonces Francisco de Aragón y Cardona, proporcionó 300 hombres para luchar contra los bandoleros en 1569. La situación pudo empeorar cuando se proclamó el decreto de expulsión de Felipe III entre 1609 y 1613.
Durante la Guerra dels Segadors o Sublevación de Cataluña, entre 1640 y 1652, el condado de Prades apoyó a las tropas franco-catalanas. Tras la derrota, que hizo derribar numerosas murallas, como en Prades, siguió en manos de los duques de Medinacelli hasta la desamortización de Mendizabal.
En 1724, Capafonts se encuentra entre las poblaciones afectadas por una epidemia de paludismo en tierras de Tarragona. 7​
La entrada de los franceses en España durante la invasión napoleónica fuerza la creación de milicias formadas por migueletes. Los municipios de las montañas de Prades aportan 44 hombres al segundo tercio de migueletes, de los que, en 1808, 5 son de Capafonts. En 1820, Capafons debe aportar a las tropas unas 24 arrobas (275 kilos) semanales de trigo. Entre 1810 y 1814, los franceses ocupan la región y entonces las peticiones aumentan. Capafonts debe aportar al ejñercito acuartelado en Reus 24 arrobas de paja, 24 de leña, 20 raciones de pan y 3 quartans (unos 17 litros) de aceite. Las cantidades van subiendo hacia 1813 para abastecer a los húsares franceses de Reus. En la comarca, muere más gente por epidemias que por disparos. Acabada la guerra en 1814 se dictan normas para que la gente vuelva a sus pueblos y evitar saqueos en tierras ajenas. 8​

Durante la tercera guerra carlista, surge la figura del Niño de Prades, que había aprendido las artes de la guerrilla con las tropas del teniente coronel José B. Moore con solo 17 años, y que, hacia 1874, con 19 años, tras la retirada carlista de esta zona, formó un grupo guerrillero que actuó por tierras de Prades, saqueando pueblos, incluido Capafonts, hasta su muerte en 1875.9​10​
Algunos nombres conocidos de Capafonts pertenecen a las familias que poseyeron más tierras en el pueblo, como Balaña i Pocurull, que figuran en las listas de los represaliados durante la guerra civil española. 11​ Según algunos testimonios, en Capafonts estaban los del POUM. En 1941 fueron llamados a filas los nacidos en 1921, que eran seis en el pueblo, para ir a la batalla del Ebro. Entre los apellidos, Barberà, Balañà, Besora, Pocurull, Fort. A la vuelta, hubo que enterrar a los muertos que estaban escampados alrededor del pueblo

(24 de Marzo de 2019)