Está situada en la Cuenca del Henares, al este de la región. Dista 31 km de Madrid y 22 km de Guadalajara. Es una de las ciudades más pobladas de la Comunidad de Madrid. Vertebra el término municipal el río Henares, que funciona como una clara frontera entre las dos unidades geográficas que confluyen en Alcalá: La Alcarria y La Campiña
El terreno de uso agrícola es en su mayoría cerealista. Una gran extensión forma parte de la ZEPA (Zona de Especial Protección para las Aves) de las estepas cerealistas de los ríos Jarama y Henares, extraordinario hábitat de avutardas, sisones, carracas, aguiluchos y otras esteparias; y zona de campeo de grandes rapaces, algunas en peligro de extinción. Al Henares tributan aguas dos ríos en el término municipal: Torote y Camarmilla, ambos de La Campiña. Aparte, otros arroyos de menor entidad desembocan en el Henares.
Su nombre significa «castillo sobre el río Henares», por esta razón aparece en el escudo un Castillo sobre oleadas de agua, que simulan el río Henares.

El Colegio de San Ildefonso es uno de los mejores representantes del renacimiento español, con la capilla aneja, donde reposan los restos del Cardenal Cisneros.
La iglesia magistral de San Justo (gótico-flamígero del XVI), donde todos los canónigos tenían que ser, necesariamente, profesores o doctores.
El Palacio Arzobispal (renacentista del XVI), se alza junto a los restos de las murallas, pertenecientes a los siglos XIV y XVIII.
El barroco Convento de Bernadas, del siglo XVI.
La Casa de Cervantes, reconstrucción de una vivienda ambiental al estilo castellano del XVI.
La Casa de la Entrevista, donde se ubica el encuentro de los Reyes Católicos con el descubridor.

Las fiestas mayores se celebran la semana que corresponde al 24 de agosto. Las Jornadas Cervantinas son especialmente interesantes y tienen lugar a finales de abril y a principios de septiembre.

La gastronomía es la clásica castellana, destacando los asados, las sopas de ajo, las migas y las almendras garrapiñadas.

Los restos arqueológicos más antiguos corresponden al Paleolítico. Poblamientos del Neolítico, Calcolítico y Edad de Bronce han sido documentados gracias a los hallazgos localizados en las excavaciones de los cerros de la margen izquierda, de las terrazas fluviales y del yacimiento de la Esgaravita.
A la Edad de Hierro pertenece un castro celtibérico desvelado en la cuesta de Zulema donde se extrajo un pequeño tesoro de monedas.
Su creación se remonta a la época celtíbera, pero será con la llegada de los romanos cuando se formará una ciudad notable llamada Complutum. Por la ciudad han pasado varias culturas, de las cuales tres llegaron a convivir simultáneamente en la ciudad.
Cuando los musulmanes tomaron la ciudad visigoda, trasladaron el núcleo urbano a los cerros, al otro lado del río Henares, colocando éste como frontera natural ante los ataques cristianos provenientes del norte. El actual nombre de la ciudad proviene del término árabe al-qal'a Nahar, «El castillo» o fortaleza sobre el Henares, ya que al trasladar el núcleo urbano, los andalusíes construyeron anexo un recinto amurallado a las orillas del río Henares, del que hoy en día se conservan ruinas bastante degradadas.
La ciudad romana previa tuvo como nombre Complutum, cuya etimología exacta se desconoce, aunque existe la hipótesis de significar 'confluencia de aguas' en latín (confluvium) o 'campos ricos' en griego (Kompos Ploutos), existe también en el Bierzo la localidad de Compludo cuya etimología parece ser la misma.
Con la Reconquista Cristiana se produce la nueva reconstrucción en lo que supuso desde entonces su emplazamiento definitivo, en torno a lo que es hoy la Catedral Magistral. Sin embargo, hay que esperar a finales del XV para asistir al gran período de esplendor de la ciudad: en 1499 el Cardenal Cisneros funda la Universidad, produciéndose a partir de ese momento una renovación urbanística que convierte a Alcalá en una ciudad universitaria.
Sería en el verano del año 1062 cuando Fernando I, al frente de un numeroso ejército, puso cerco a la ciudad musulmana, combatiéndola con ingenios para abrir brecha en sus muros, lo que obligó al rey Al-Ma’mun de Toledo a hacerse tributario suyo y rendirle parias para que levantase el asedio, a cambio de la entrega de grandes riquezas. Sin embargo, a pesar de la histórica conquista de Toledo por Alfonso VI en 1085 y de su dominio de la comarca inmediata, la fortaleza de Alcalá la Vieja continuaría bajo el dominio musulmán hasta que en 1118 el arzobispo de Toledo, Don Bernardo, llevó sus ejércitos al importante enclave de Alcalá, en donde consiguió rendir la plaza.
Durante los siglos XVIII y XIX la ciudad inicia un periodo de decadencia. El traslado de la Universidad a Madrid en 1836 unido a las sucesivas desamortizaciones provocaron el cierre de varios conventos y el empobrecimiento del ya degradado ambiente cultural alcalaíno.

ALCALÁ DE HENARES, ciudad en la prov. de Madrid, part. judic., de su nombre. El Sr. Navarrete, en las notas a la Vida de Cervantes, p. 557, refiriéndose a las ordenanzas dadas por el cardenal Jiménez de Cisneros para gobierno de esta ciudad [entonces villa], dice, que están encuadernadas a continuación de otro fuero más antiguo dado por el arzobispo de Toledo D. Raimundo el año de 1135. Si esta noticia fuese exacta, seria de interés, porque la colección de fueros de Alcalá que se conoce, no tiene fecha. Fué formada y romanceada por orden del arzobispo D. Rodrigo Jiménez de Rada, si bien sirvieron de base los otorgados por el arzobispo D. Raimundo. Empieza así:
«Hec «est carta quam fecit archiepiscopus Dominus Remondus cum «ómnibus populatoribus de Alcalá de suis consuetudinibus, et «postea confirmavit succensor eius archiepiscopus Dominus Jo- «hannes, deinde archiepiscopus Dominus Celebrunus, et postea «succenssor eius Dominus Gonzalvo, et postea succenssor eius «archiepiscopus Dominus Martin o, et postea succenssor eius «archiepiscopus Domino Rodrigo Semenez otorgo et confir- «mo.»
Existe original en el archivo de la ciudad de Alcalá. Copia en el tomo XXXIX de la Colección de Salva. El mismo arzobispo de Toledo D. Rodrigo Jiménez otorgó fuero al concejo de las aldeas de Alcalá: su fecha en 27 de Enero de 1223. Original en el archivo de la catedral de Toledo, y copia en la Colección de Burriel, DD 114. Las aldeas de esta población, que ademas de ciertas franquezas particulares disfrutaban su fuero, eran las siguientes: Ajalvir, Camarma de Esteruelas, Daganzo de abajo, Torrejón de Ardoz, Valdemora, Arganda, Ambite, Anchuelo, Buches, Aldea del Campo, Carabaña, Corpa, Los Hueros, Loeches, Olmeda, Orusco, Perales de Tajuña, Pezuela, Pozuelo de Torres, Querencia, Santorcaz, Los Santos de la Humosa, Tielmes, Valdetorres, Valtierra, Valmorés, Valverde, Villar del Olmo, Valdilecha y Villalvilla. Véase Portilla, Historia de Compluto, part. 1.ª, pág. 273. El infante D. Sancho, arzobispo de Toledo, dio para el gobierno de sus vecinos unas ordenanzas, en 9 de Mayo de 1268. Cítalas Portilla en la misma obra, pág. 278. El deán de Toledo D. Vasco Fernández confirmó en 3 de Setiembre de 1353 los fueros y privilegios de Alcalá, salvo los que fueren contra las nuevas leyes del rey D. Alonso [XI], hechas en las Cortes de dicha villa. Cita este documento el mismo historiador, pág. 281.
* FUEROS Y CARTAS-PUEBLAS DE ESPAÑA. REAL ACADEMIA DE LA HISTORIA.

El centro de Alcalá de Henares destaca, con su Puerta de Madrid, con sus iglesias cuarteles, con sus murallas, sus viejos edificios, su Universidad, sus escudos heráldicos, sus soportales, su quiosco de la música y su Círculo de Contribuyentes.
Hay un refrán que dice: riqueza vieja es la nobleza. Así describió a la ciudad complutense el galardonado con el Premio Cervantes y Premio Nobel de Literatura Camilo José Cela en su Nuevo Viaje a la Alcarria. Y con ese centro de la ciudad lleno de conventos, claustros, cigüeñas, murallas, palacios, artesonados, patios o capillas de gran interés cultural la UNESCO concedió la prestigiosa declaración de Alcalá como Patrimonio Universal de la Humanidad.
La milenaria ciudad, con huellas de esplendoroso y brillante pasado, ahora reconstruidas; cuna de santos y mártires, de tres culturas de las que todavía quedan importantes signos y madre del escritor de todos los tiempos, de la lingüística y la formación humanística o de reyes intelectuales, tenía ya en su haber otras distinciones: Conjunto Nacional Histórico, siete bienes declarados culturales y Premio Europa Nostra por su labor de rehabilitación. Ahora el Ayuntamiento y la Universidad se han encargado de tachar la imagen industrial que le pesa desde hace décadas para convertirse, como antaño, en el centro de las miradas del mundo. Alcalá de Henares se ha convertido en las últimas décadas en un importante núcleo industrial de la Comunidad de Madrid, su imagen presenta para el forastero, e incluso para el oriundo que desconoce su pasado, un frío y agresivo aspecto de ciudad dormitorio, donde se levantan construcciones mastodónticas repletas de viviendas que hacen daño a la vista y desfasadas fábricas que invitan a pasar de largo y huir del lugar. Pero, gratamente para los naturales y por sorpresa para los visitantes, tras el aspecto sombrío y gris de una ciudad industrial se esconde un Conjunto Histórico Nacional, según declaró el Ministerio de Educación en 1968, que durante siglos ostentó el gran esplendor de una época del panorama nacional y que tras una década de vasta recuperación -de momento inadvertida en el escenario español- pretende traspasar fronteras y ser ejemplo de encanto y vitalidad universal.
La firma de un convenio en materia de patrimonio urbano y arquitectónico ha venido desarrollando 9 proyectos para potenciar lo que antaño fue paraíso cultural y que, tras un período de decadencia, pretende hacer resonar el nombre de Alcalá de Henares en el último rincón del mundo. El acuerdo incluyó también la solicitud a la UNESCO de la declaración de la ciudad como Patrimonio Universal de la Humanidad.
Destacar que la importancia económica de Alcalá de Henares, ya que es el centro comercial del área agrícola circundante y desarrolla una importante actividad industrial, principalmente en los sectores alimenticio, textil, químico, de materiales ferroviarios y de la construcción. Se destaca por sus curtidurías y jabones.
Aquí tuvo lugar, según los historiadores, la primera entrevista entre los Reyes Católicos y Cristóbal Colón.