Esta cripta guarda la memoria del martirio de los Santos Niños Justo y Pastor, patronos de la diócesis de Alcalá de Henares, martirizados bajo la persecución del emperador Diocleciano, a comienzos del siglo IV, en el Campo Laudable, a las afueras de la ciudad hispano-romana de Complutum.
En el arca de plata se custodian las reliquias de los mártires, que el 7 de marzo de 1568 regresaron a este templo desde Huesca.