Tres amplias naves organizan el interior de la Catedral, cubiertas mediante bóvedas de crucería y terceletes. También se perdió el coro, que se encontraba en la nave central. Rejas, como la del maestro Juan Francés de 1509, retablos, sepulcros y un largo etcétera completaban el mobiliario y el programa iconográfico de esta catedral que, en la actualidad, ha iniciado un nuevo proceso de restauración, intentando recuperar parte de su belleza perdida. Fue León por quien, en 1519, le concedió el titulo de 'Iglesia Magistral' en la certeza y obligación de que sus canónigos fueran también doctores. Y es que Alcalá de Henares es la ciudad de la Universidad de Cisneros, la ciudad donde nació Cervantes. En el interior está dividida en tres amplias naves, la central cubierta con bóvedas de terceletes y las laterales con bóvedas de crucería, que se comunican mediante una girola poligonal. Destacables son las rejas, preciosas, con decoración vegetal que datan de 1509. Bajo el presbiterio se encuentra la cripta de los Santos Niños. Su estilo es claramente del gótico isabelino. Tiene arquivoltas con arco de perfil carpanel y por encima un arco mural trilobulado con cardinas cobija un medallón en el que se representa la imposición de la casulla a San Ildefonso, entre dos escudo de Cisneros. Todo el conjunto es rodeado por pilastras floridas y una especie de alfiz escalonado.
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