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Bajo el presbiterio, cuya mesa de altar fue empleada por Sixto V para canonizar a San Diego de Alcalá, se encuentra la cripta de los Santos Niños. A ella se accede a través de dos portadas del siglo XVII decoradas con bajorrelieves alusivos a su martirio. Una gran bóveda rebajada la ropa las reliquias, que se encuentran alojadas en una arqueta de plata realizada en 1702 por el orfebre Damián Zurero. Frente a la arqueta se encuentra la losa sobre la que recibieron el martirio, sostenida por dos pequeños leones. Las imágenes de Justo y Pastor, y un conjunto de relicarios, completan esta cripta tan vinculada a la historia de Alcalá.