Hijo de Francisco Zapata de Cisneros, I conde de
Barajas y María Clara de Mendoza.
Antonio Zapata y Cisneros, también denominado Antonio Zapata y Mendoza, nació en
Madrid el 8 de octubre de 1550 y falleció el 27 de abril de 1635. Fue obispo de
Cádiz y Pamplona, arzobispo de
Burgos y cardenal, consejero de estado de Felipe III, virrey de Nápoles e inquisidor general del reino.
Ya octogenario, su avanzada edad le llevó a renunciar a todos sus cargos y a retirarse a Barajas; aquejado de una enfermedad que le impidió el habla, fue trasladado a Madrid, donde murió en abril de 1635. Sus restos fueron enterrados en el
convento de Nuestra Señora de la Concepción de los franciscanos descalzos, llamados gilitos, fundado por su padre en Barajas. Obra del Arquitecto Nicolás de Vergara el Mozo. Hoy desaparecido.