Juan Bautista será considerado el primer arquitecto del
Monasterio de
El Escorial y sus trazas sentarán las bases de lo que posteriormente será el lenguaje herreriano. Las medidas del rectángulo de la planta, según señalaba el padre Sigüenza en 1605, son de 735x580 pies castellanos, es decir, 205x162 metros. La altura total del punto más elevado de la
cruz tomada con respecto al pavimento de la
iglesia es de 95 metros.