En primera instancia se observa que las primeras trazas que se conservan de Juan Bautista de
Toledo proponían un
edificio con una imagen muy diferente al que se construyó definitivamente:
torres en el centro de cada una de las
fachadas laterales (las huellas de la
Torre de la
Biblioteca aún son visibles en la
fachada que da al
Jardín, ya que se construyó en vida de Juan Bautista), dos torres en la cabecera de la
iglesia y dos torres más en la
portada principal, donde el
Patio de Reyes quedaba abierto y dejaba ver en el fondo la portada de la Basílica.