No estando contento Felipe II con esta solución hará llamar a Francesco Paciotto que le aconsejará al monarca que el templo tenga el ábside plano. Finalmente el artífice de la solución definitiva fue Juan de Herrera, que construyó un templo cuadrado basado en la planta del Vaticano sobrepuesto a una planta basilical tradicional con el altar al final de la nave principal.