El resultado final guarda reminiscencencias de los tres dominios que Felipe II había aprendido a amar en su
juventud en
Valladolid, Milán y Bruselas: la planta rectangular con sus cuatro
torres en las
esquinas, habitual en los sobrios alcázares castellanos de
piedra, la
arquitectura clásica italiana en la basílica y las
portadas, y los típicos
tejados apizarrados flamencos, elaborados en este caso utilizando pizarra de las canteras de Bernardos (
Segovia), cuya explotación se inició por orden de Felipe II para la construcción del
edificio.