La decisión real de elegir en 1559, con la corte ya establecida en
Madrid,
San Lorenzo de El Escorial como lugar de construcción fue una decisión polémica, que contravino las indicaciones de sus asesores, los cuales se inclinaban por localidades como
Salamanca, ya que contaban con una gran
tradición universitaria y por tanto con mayor interés, a nivel general, por los libros.