Justo al otro lado del presbiterio de la Basílica y de forma totalmente simétrica, se encuentran las estancias Reales de la Reina, que finalmente fueron usadas por su hija la infanta Isabel Clara Eugenia. En todo el conjunto del
Palacio de Felipe II podrás encontrar obras pictóricas de la
escuela española de principios del XVII. También de la escuela italiana y veneciana del siglo XVI, y de las
escuelas flamencas del XVI y XVII.