Alrededor del presbiterio de la Basílica se sitúa el
Palacio de los Austrias, cuya construcción sigue el mismo esquema del Palacio de Carlos V en Yuste. En esta zona pueden visitarse los Cuartos Reales y la Sala de las Batallas, una galería alargada decorada con frescos que recrean escenas de batallas como
San Quintín, Higueruelas, Pavía o Lepanto.