Desde ese momento, los acontecimientos se precipitaron. Al tiempo que la corte se instalaba en
Madrid, el rey encargó los planos del
monasterio a Juan Bautista de
Toledo, un arquitecto español formado en
Italia. La custodia del
edificio la encomendó a la orden jerónima, tradicionalmente vinculada a la Corona. Con su proyecto, Felipe II recuperaba la
tradición medieval de propiciar la construcción de un monasterio donde morar en vida y hallar descanso eterno.