La decisión de Felipe II resultaba aparentemente impropia de su tiempo. Pero solo aparentemente, porque no hay que olvidar que por entonces se clausuró el Concilio de Trento. Al reunir en una sola ubicación residencia, panteón real y
monasterio, enlazando con ello fe y monarquía, el rey no perseguía más que un propósito: institucionalizar la dinastía como defensora suprema de la fe cristiana y la monarquía hispana como cabeza visible de la Contrarreforma impulsada por el Vaticano.