El 23 de abril de 1563, tras la adquisición de los terrenos y aprobada la propuesta de Juan Bautista de
Toledo, se colocó la primera
piedra del
monasterio. Poco después se incorporaron al equipo en calidad de adjuntos Juan de Herrera y Juan de
Valencia, y a la muerte del titular varios años después, el primero pasó a ocupar el cargo de arquitecto mayor.