Hombre culto e inquieto, Herrera unía a su condición de arquitecto profundos conocimientos de geometría. Esta disciplina se manifestó en la remodelación de los planos originales de Juan Bautista de
Toledo. Suprimió algunos
torreones y, sobre todo, simplificó las líneas maestras del
edificio mediante la abundancia de formas geométricas. También clausuró el
patio de los Reyes con una doble
fachada como antesala de la basílica.