El monarca otorgó la Carta de Fundación y Dotación del
Monasterio de
San Lorenzo de El Escorial a los frailes jerónimos. Los trabajos se dieron por concluidos en 1586, cuando Francisco de Mora remató la basílica. Felipe II solo disfrutó de su obra doce años. Retirado en las sobrias habitaciones que se reservó junto a la basílica, y acompañado por sus dos hijas, Catalina Micaela e Isabel Clara Eugenia, nacidas de su matrimonio con Isabel de Valois, alternó la vida intelectual con el ejercicio de la política y un régimen de vida casi monacal.