A Carlos II le correspondió la tarea de reconstruir el
monasterio tras un terrible incendio acaecido en el último tercio del siglo XVII. Encargó esta responsabilidad al arquitecto toledano Bartolomé Zumbigo. Sin embargo, tras la llegada al trono de la dinastía de los Borbones, el monasterio de
El Escorial cayó en un profundo letargo.