El
monasterio propiamente dicho ocupa todo el tercio sur del
edificio. Fue ocupado originalmente por monjes jerónimos en 1567, aunque desde 1885 está habitado por los padres Agustinos, de clausura, por lo que no es visitable por el público. El recinto se organiza en torno al gran
claustro principal, el
Patio de los Evangelistas, obra maestra diseñada por Juan Bautista de
Toledo y que constituye una de las mejores páginas de
arquitectura del Monasterio.