El Panteón de Reyes se encuentra en una
capilla circular situada debajo del presbiterio, decorada con mármoles y bronces dorados. Es allí donde descansan los monarcas y las reinas madres de Rey, desde Carlos I hasta la actualidad. Las únicas excepciones son de Felipe V y Fernando VI, que reposan en sus respectivas fundaciones: La Granja de
San Ildefonso, y las Salesas Reales en
Madrid (
Iglesia de
Santa Bárbara).