En el año de 1549 se derribó una ermita mudéjar llamada de Santa María Magdalena, y sobre su solar se empezó a edificar el actual de nuestra Catedral. De la antigua ermita sólo se conservó su torre. Este nuevo templo fue diseñado por el arquitecto Alonso de Covarrubias, a instancias del cardenal de Toledo Don Juan Martínez Silíceo. Y el maestro de obras Juan Francés se hizo cargo de la construcción de la nueva iglesia, tras ser aceptada su oferta de 2.800 ducados de oro en la subasta pública celebrada el 5 de febrero de 1549.