El lugar estuvo ocupado anteriormente por un convento-ermita franciscano, que, según la leyenda,​ fue fundado por san Francisco de Asís en 1217. Cuando Felipe II convirtió Madrid en capital del reino, en 1561, el convento fue ganando en riqueza e importancia y llegó a recibir la custodia de los Santos Lugares conquistados por los cruzados, mediante una Junta Protectora de la Obra Pía de Jerusalén, y el Comisariado General de Indias.
En 1760, los franciscanos derribaron la primitiva edificación para construir, sobre su solar, un templo más grande, que encargaron al arquitecto Ventura Rodríguez. Su proyecto, firmado en 1761, fue desestimado, a favor de un diseño del fraile Francisco Cabezas, redactado por José de Hermosilla. Cabezas concibió una amplia rotonda para el espacio interior, cubierta por una grandiosa cúpula. Sin embargo, las obras tuvieron que suspenderse en 1768, debido a las complicaciones técnicas surgidas, lo que obligó a Cabezas a abandonar el proyecto, presionado por Ventura Rodríguez, quien aprovechó su influencia dentro de la Real Academia de Bellas Artes de San Fernando. Las obras fueron encomendadas entonces a Antonio Pló, que se hizo cargo de la cúpula, concluyéndola en 1770.

(19 de Marzo de 2019)