Existente ya a finales del siglo XII y levantada acaso en un solar ocupado anteriormente por la primitiva
iglesia cristiana del
Madrid islámico. Este templo fue muy frecuentado por
san Isidro Labrador y
santa María de la Cabeza, feligreses de la
parroquia en la que el
santo fue enterrado. Junto a esta Iglesia se alzaba la
casa de su amo Iván de Vargas, sobre la que se levantó luego el
palacio de los marqueses de Paredes, ahora reconstruido y convertido en
museo municipal. En él se encontraba el
pozo, protagonista de uno de los milagros del santo, y una pequeña
capilla en el lugar donde se decía que había vivido San Isidro.
Para el historiador y arqueólogo Elías Tormo, sin embargo, el emplazamiento de la primitiva iglesia estuvo ocupado antes por una mezquita situada junto a la
torre albarrana en lo que luego fue palacio de los Laso de Castilla, residencia de los Reyes Católicos y del cardenal Cisneros cuando se encontraban en Madrid. En tiempos de los Reyes Católicos fue reformada la iglesia en estilo
gótico, abriéndose a la vez un paso alto de comunicación con el palacio. En el siglo XVI se le adosó la capilla del Obispo, luego templo independiente, a la que se trasladó en 1535 el cuerpo del santo por orden del obispo Gutierre de Vargas Carvajal, lo que dio lugar a discordias entre ambas capellanías, hasta que veinticuatro años después el cuerpo retornó a su emplazamiento original. En 1656 el viejo templo sufrió un desplome, reconstruyéndose modestamente a la vez que se construía la capilla de San Isidro, cambiando su orientación. La nueva iglesia de San Andrés se
adornó con un
retablo de Alonso Cano. Las
esculturas pertenecían a Manuel Pereira, a quien correspondía también la
estatua de San Andrés en
piedra situada en la
hornacina de su única
puerta (actualmente en el
jardín lo que queda de ella). La iglesia fue incendiada en 1936 y sobre el solar de la primitiva cabecera
gótica se construyó posteriormente la casa rectoral. La actual iglesia ocupa lo que fue capilla de San Isidro y un tramo de la reconstruida en el siglo XVII.