La Iglesia, de mayor altura que el Palacio, termina en tres altivas torres, con chapiteles de pizarra a cuatro aguas. En el centro de la fachada, una hornacina acoge la figura en piedra de San Francisco Javier, copatrón de Navarra y apóstol de las Indias, de ascendencia baztanesa, ya que su madre era de Azpilcueta.