Además de los
ríos Lozoya y Jarama, numerosos arroyos cruzan el término municipal de
Patones, casi todos de norte a sudeste, ocupando las vaguadas de los cerros y atravesando el murallón calizo. El más importante es el arroyo de Patones que atraviesa los nucleos de población de Patones y Patones de Abajo antes de llegar al
río Jarama. Otros de gran valor ambiental son: Colmenares,
San Román, las
Cuevas, Labradillo, Valdentales, Cancho de la Cabeza, .