Además de los ríos Lozoya y Jarama, numerosos arroyos cruzan el término municipal de Patones, casi todos de norte a sudeste, ocupando las vaguadas de los cerros y atravesando el murallón calizo. El más importante es el arroyo de Patones que atraviesa los nucleos de población de Patones y Patones de Abajo antes de llegar al río Jarama. Otros de gran valor ambiental son: Colmenares, San Román, las Cuevas, Labradillo, Valdentales, Cancho de la Cabeza, .
