Los historiadores consideran que el ábside fue erigido por canteros que también trabajaron en el Monasterio de San Lorenzo de El Escorial. Es posible explicar esta hipótesis al observar las similitudes entre San Juan Evangelista y las iglesias de los municipios anexos de Navalagamella y Valdemorillo, donde existen marcas de cantero que coinciden con algunas de las del Monasterio.