Su curso va de oeste a este, a diferencia de la mayoría de los
ríos madrileños que surcan la comunidad de norte a sur. El
río atraviesa primero la fosa tectónica comprendida entre la
sierra de la Cuerda Larga y los
Montes Carpetanos, en la zona conocida como
Valle Alto del
Lozoya, donde pasa cerca de la Cartuja de
Santa María de El Paular, en
Rascafría. A esta altura se encuentra también con el
puente del Perdón, cuyo aspecto actual data del siglo XVIII.