La primera sede del
museo se encontraba en el Dique de
Navidad, en un conjunto de cinco
edificios: las salas de
exposiciones en un antiguo lazareto; el Centro Nacional de Investigaciones Arqueológicas Submarinas en un
edificio moderno inaugurado oficialmente el 28 de marzo de 1982 y obra del arquitecto Pedro
San Martín. Otros tres edificios, propiedad de la Autoridad Portuaria de
Cartagena acogían almacenes y laboratorios.